Изабрани су први наставници др Никола Ђукнић, за редовног професора, др Боривоје Ћосић и др Младен Симић за доценте, а за асистенте Естера Мрчарица, Војислав Жорић, Миодраг Јанковић, Живојин Тричковић, др Звонимир Вукушић, др Раде Тијанић, др Синиша Васић, др Србољуб Ђорђевић, др Милић Алексић, др Спира Страхињић и др Велимир Савић. За првог декана изабран је др Никола Ђукнић, познати хирург из Ниша.

Како у време оснивања Медицинског факултета није било средстава за изградњу зграде, новооснована високошколска установа била је смештена у згради Средње медицинске школе. Настава за прву генерацију Факултета почела је 17. октобра 1960. године. Прво предавање одржао је проф. др Павле Трпинац, професор хемије са Медицинског факултета у Београду. Прво предавање из клиничке наставе одржао је проф. др Божидар Ђорђевић две године након почетка рада Факултета.

Пет година након почетка рада Медицинског факултета, формиран је Универзитет у Нишу, а Медицински факултет је постао један од његових стубова.

Прве магистарске студије су започете школске 1970/71. године и то из превентивне медицине а наредних година из осталих области медицине и стоматологије.

Прва клиника формирана од стране Медицинског факултета, одлуком њеног Савета, била је ОРЛ клиника која је почела рад 1.1.1969.године.

Две године касније, Савет Медицинског факултета донео је одлуку да се од ранијих оделења Клиничке болнице формирају клинике, институти и заводи као наставне, научне и радне јединице Медицинског факултета чиме су створени још биљи услови за рад и развој сваке клинике. Исте године, радни људи новоформираних клиника, завода и института референдумом су се изјаснили да се удруже у сложену радну организацију–Заједницу клиника, института и завода (КИЗ) на принципима Закона о удруженом раду. Стоматолошка поликлиника, која је формирана 1960.године, прераста 1964.године у Стоматолошку клинику. Одлуком Савета Медицинског факултета формиран је и Институт за нефрологију и хемодијализу 1972.године, што представља велики успех на стручном, научном и здравственом пољу. Ради бољег остваривања здравствене функције, Медицински факултет је 4.10.1971.године у свом Статуту предвидео Веће за здравствену делатност.

Сви ти подаци показују да је у првих двадесет година рада Факултета највише урађено на развоју, почев од стварања кадрова, развоја научног рада, преко обезбеђивања просторних услова за наставу на предклиничким предметима и посебно на изградњи нових просторних капацитета за наставу на клиничким предметима.

Наредних двадесет година рада Медицинског факултета (1980-2000.године) период је даљих успона.

Медицински факултет је јануара 1992. године отпочео сардњу са Интеруниверзитетским центром из Лугана-Швајцарска, на основу уговора закљученог између Универзитета и Медицинског факултета из Ниша с једне стране и ове Међународне асоцијације с друге стране. Сарадња се одвијала на плану школовања студената медицине и стоматологије из Италије и Швајцарске.

Пету деценију рада Факултета су обележили напори да се сви проблеми узроковани ратом, санкцијама и транзицијом превазиђу и да се што пре Факултет укључи у породицу европских медицинских факултета. Захваљујући ентузијазму и истрајности свих запослених, а посебно управе, Медицински факултет је, полако али сигурно, превазилазио скоро све тешкоће и својим активностима пратио савремене трендове у образовању, науци и струци.

Период после четрдесетогодишњег јубилеја карактеришу догађаји који ће сигурно утицати на даљи развој и судбину Медицинског факултета.

• Школске 2002/03. уписана је прва генерација студената на студијској групи фармација (56 студената) и тиме започета едукација дипломираних фармацеута на Медицинском факултету у Нишу и први студент је дипломирао јула 2007.
• Школске 2003/04. уписана је прва генерација студената на трогодишњој струковној студијској групи здравствене неге a јуна 2006.године дипломирао је први студент на овој студијској групи.
• Поред тога, програми студија на свим студијским програмима су модификовани у складу са Болоњским процесом реформи и по том програму се изводи настава почев од школске 2007/08. године. У складу са Болоњским процесом реформи, школске 2007/08. уписана је прва генерација студената медицине и стоматологије на Академске докторске студије одмах након завршених интегрисаних академских студија.

Крајем 2007.године из WUS пројекта оформљена видео-конференцијска сала у просторијама Медицинског факултета и 30.јануара 2008.године одржана је прва телеконференција. Презентацију са Медицинског факултета имала је проф. др Марина Дељанин-Илић, а у рад телеконференције уживо су били укључени центри у Марбургу, Бад Наухеиму и Нишу. Тема конференције је била "Акутни проблеми у срчаној инсуфицијенцији“.

Почетком 2008. године, делом из WUS пројекта а делом из средстава Факултета, формиран је Кабинет за ургентну медицину са комплетном и модерном опремом за едукацију студената и лекара.

• Током 2005. године формиран је Центар за контролу и унапређење квалитета, којим је руководио академик проф. др Владисав Стефановић.
• Средином 2006. године, Медицински факултет је акредитован као научно-истраживачка организација, а марта 2008. године Медицински факултет у Нишу је добио прву акредитацију од стране Комисије за акредитацију и проверу квалитета Републике Србије. Том приликом је акредитовано 16 студијских програма.
• Настава на здравственим субспецијализацијама, у складу са Законом о здравственој заштити, започета је од 2006. године.

У периоду 2001-2005. на Факултету су завршена 22 научна пројекта финансирана од Министарства науке Владе Србије, потом три пројеката WUS фондације из Аустрије и три TEMPUS пројекта. У периоду  2006-2010. завршена су пет научна пројеката Факултета финансираних од Министарства науке Владе Србије и два TEMPUS пројекта, а у 28 научних националних и међународних пројеката учествовали су наставници Медицинског факултета заједно са другим факултетима из земље и иностранства.

У периоду 2011-2018. реализује се пет пројаката финансираних од стране Министарства просвете, науке и технолошког развоја Републике Србије и то два пројекта иу области основних истраживања, један пројекат из области технолошког развоја и два пројекта из области интегралних и интердисциплинарних истраживања. Такође, истраживачи са Медицинског факулета у Нишу ангажовани су на укупно 32 пројеката чији су руководиоци из других научноистраживачких организација.

У оквиру заједничког пројекта: „Унапређење система високог образовања у Србији“, који се реализује кроз сарадњу Европске уније и Савета Европе, тим експерата за процену квалитета, новембра месеца 2009. године је урадио прву екстерну еваулацију нашег Факултета као високошколске установе у Републици Србији.

Медицински факултет у Нишу је половином 2009. године положио камен темељац за зграду анекса и из сопственихсредстава завршио зграду у октобру 2010. године, отварајући тако једно од најмодернијих здања града са врхунски опремљеним простором за студирање и професионалним условима за бављење науком.

Желећи да прати корак са временом и испуњава захтеве модерног времена, уз максималне напоре Медицински факултет континуирано побољшава квалитет извођења наставе, како предавања, тако и вежби, и опрема просторе и вежбаонице најновијом опремом као за студенате студијског програма стоматологије, тако и фармације.

Медицински факултет у Нишу, први међу нишким факултетима ради реакредитације факултета 2013. и 2017. године као и свих већ постојећих студијских програма и прави планове за акредитацију нових. За све то, потребан је нови, модеран и обновљен простор, па Савет Факултета доноси одлуку да поново крене у обнављање зграде Факултета, чинећи га на тај начин једном од најуређенијих и најмодернијих факултета Унверзитета у Нишу.