Лабораторија за функционалну геномику и протеомику

Лабораторија за функционалну геномику и протеомику (ЛФГП) је најмлађа организациона јединица Научноистраживачког центра за биомедицину, основана одлуком Наставно-научног већа Медицинског факултета Универзитета у Нишу 30.11.2007.године.

Лабораторија се налази у сутурену Анекса зграде Медицинског факултета и састоји се из два одељења:

• Одељења за протеомска испитивања и
• Одељења за геномска испитивања.

Основна намена Лабораторије за функционалну геномику и протеомику је реализација истраживања у области биомедицине, биохемије, молекуларне биологије, обезбеђивање подршке у реализацији научних пројеката, наставе на основним интегрисаним и академским докторским студијама, као и међународна сарадња са сродним институцијама.

Истраживања и пројекти

Велики обим истраживања у овој лабораторији се обавља у склопу ПРОЈЕКТА из области интегралних и интердисциплинарних истраживања  „Превентивни, терапијски и етички приступ претклиничким и клиничким истраживањима гена и модулатора редокс ћелијске сигнализације у имунском, инфламаторном и пролиферативном одговору ћелије“, финансираном од стране Министарства просвете, науке и технолошког развоја Републике Србије (бр. 41018, руководилац проф. др Душица Павловић).

Лабораторија за функционалну геномику и протеомику бави се функционалним проучавањем геномске ДНК, РНК, протеина ткива и телесних течности, као маркера различитих патолошких стања. У фокусу су испитивања молекуларних механизама сигналних молекула који леже у основи аутоимунских, хроничних инфламаторних, малигних и неуродегенеративних болести, као и популационе анализе, односно, испитивање учесталости генских полиморфизама као предиспонирајућих фактора за појаву различитих хроничних инфламаторних болести.

У оквиру фармакогенетских испитивања раде се анализе генетских полиморфизама на генима за алфа и бета адренергичке рецепторе, као и на генима за ензиме из фамилије цитохромаП 450 2Д6, 3А5, 3А4, 2Ц19, 2Ц9, МДР1. Истовремено се испитује и њихов утицај на метаболисање лекова код пацијената са хроничном срчаном инсуфицијенцијом, акутним коронарним синдромом и хроничном бубрежном инсуфицијенцијом у сарадњи са колегама Клиничког центра у Нишу.

Методе и анализе

У Лабораторији за функционалну геномику и протеомику врши се релативна квантификација експресије гена за:

• азот оксид синтазу,
• каспазу-3,
• супероксид дизмутазу,
• аденозин дезаминазу,
• дезоксирибонуклеотидазу,
• за калцијум-везујуће протеине и друге маркерекоштане продукције.

Основне технике и анализе које се изводе у Лабораторији

• изолација ДНК, РНК и протеина,
• квантификација на спектрофотометру,
• амплификација циљаног гена и идентификација учесталости полиморфних алела,
• мерење генске експресије циљних гена (релативна квантификација експресије гена) применом следећих метода:
  • ПЦР,
  • реверзна транскрипција ПЦР,
  • рестриктивна дигестија (РФЛП),
  • хоризонтална електрофореза на агарози,
  • вертикална електрофореза на полиакриламидном гелу(PAGE, SDS-PAGE),
  • пречишћавање ДНК са гела и припрема за секвенцирање,
  • апсолутна и релативна квантификација наRealTime ПЦР

Опрема

Лабораторија поседује сву неопходну опрему за реализацију савремених истраживања у области геномике и протеомике, као што је:

• Стандардна лабораторијска опрема;
• Специфична лабораторијска опрема за геномска и протеомска истраживања:
• масени спектрометар MALDI/TOF/TOF;
• ПЦР инструменти;
• Инструменти заReal Time ПЦР и секвенцирање.

Особље/истраживачи/сарадници

У раду одељења за геномику и протеомику ангажовани су:

• Наставници и сарадници Катедре за биохемију, Катедре за фармацију, уже научне области Биологија са хуманом генетиком и других.
• Истраживачи сарадници:
  • Др Стеван Вујић
  • Др Бранислав Апостоловић

Научна сарадња

Лабораторија за функционалну геномику и протеомику је преко својих сарадника истраживача остварила добру сарадњу са Институтом за молекуларну генетику и генетско инжењерство Универзитета у Београду, Институтом за медицинска истраживања Универзитета у Београду, Институтом за биомедицинска истраживања „Синиша Станковић“ Универзитета у Београду, Институтом за нуклеарне науке-Винча Универзитета у Београду, као и са истраживачима са других факултета Универзитета у Нишу, Универзитета у Крагујевцу, Универзитета у Приштини са седиштем у Косовској Митровици и Универзитета у Београду.

У Лабораторији за функционалну геномику и протеомику остварени су значајни резултати, који се пре свега односе на испитивања учесталости полиморфизама на генима за про/анти инфламаторне цитокине(TNF alfa, LT alfa, TNFR-1, TNFR-2, TGF beta, IL-6, CARD15), генима укљученим у метаболизам витамина Д (VDR, VDBP, CYP27B1, CYP2R1), генима ензима антиоксидативне заштите (SOD, каталаза, глутатион пероксидаза, глутатион S трансфераза) у здравој популацији и код оболелих од хроничних инфламаторних болести.

Формирана је банка ДНК узорака која располаже са 300 ДНК здравих испитаника свих узраста, ДНК пацијената са системским еритемским лупусом (100), реуматоидним артритисом (145), бронхијалном астмом (79), инфламаторним болестима црева (улцерозни колитис и Кронова болест) (90), саркоидозом (90), дијабетес инсипидусом (80) и мултиплом склерозом (84).

Одбрањене докторске дисертације

1. Др Милена Деспотовић: Полиморфизми гена укључених у инфламаторне, антиоксидативне и имунорегулаторне процесе код оболелих од бронхијалне астме. 2016.
2. Др Драгана Стокановић: Утицај генске варијабилности П-гликопротеина и цитохрома П450 на фармакокинетику клопидогрела код болесника са акутним коронарним синдромом. 2016.
3. Др Никола Стефановић: Значај генског полиморфизма цитохрома П450 3А5 и ензима антиоксидативне заштите код пацијената са трансплантираним бубрегом на терапији такролимусом. 2015.
4. Др Јелена Радовић: Заступљеност мутација и R202Q полиморфизма гена за породичну медитеранску грозницу и њихов утицај на оксидативни стрес и клиничке запаљенске манифестације. 2014.
5. Др Валентина Николић: Утицај генске варијабилности адренергичких рецептора и цитохрома П450 оксидазе на фармакокинетику и терапијску ефикасност бета блокатора код пацијената са срчаном инсуфицијенцијом. 2013.
6. Др Соња Стојановић: Значај полиморфизма гена за фактор туморске некрозе алфа и активности металопротеиназа у реуматоидном артритису. 2012.
7. Др Марија Вукелић: Процена улога костне сржи и компоненти крви у ектопичној остеогенези на моделу субкутане имплантације код Balb/c мишева. 2011.
8. Др Јелена Башић: Оксидативни стрес, матрикс металопротеиназа-9 и полиморфизам гена за фактор некрозе тумора и његов рецептор у јувенилном идиопатском артритису. 2010.

Резултати истраживања

Део резултата добијених истраживањима у Лабораторији за функционалну геномику и протеомику, објављен у врхунским међународним часописима категорије М21, М22 и М23, можете погледати ОВДЕ.